研究生毕业论文是研究生完成学业的重要成果之一，为了确保论文的独立性、原创性以及学术水平的符合要求，学术界和教育机构普遍采用了论文查重系统来进行检测和评估。论文查重进行多次的原因有以下几点：

首先，论文查重可以帮助保证学术诚信。学术界对于抄袭行为持零容忍的态度，认为论文必须是作者独立完成的原创工作。通过查重系统，可以比对论文中的文本与已发布的文献、网络资源等进行比较，从而确定是否存在抄袭和剽窃行为。

其次，论文查重有助于检查文献引用的准确性。研究生毕业论文中常常涉及大量的文献引用，而引用不准确或者未标注的情况会对文献作者的权益造成侵害。通过查重系统，可以识别论文中可能存在的非法引用和未标注的引用，帮助作者及时进行修正和引用格式的规范。通过多次查重可以提高查重系统的准确性和可靠性，减少误判的概率。不同的查重系统可能会有不同的算法和规则，因此通过多次查重可以提高结果的可信度。

再次，论文查重可以提高学术论文的质量。通过查重系统，可以帮助作者检查论文中存在的语法、拼写、格式等方面的错误，以及逻辑推理的合理性和论证的严谨性。通过不断的查重和修改，可以提高论文的准确性、完整性和连贯性，逐步提升论文的学术水平。多次查重可以对论文进行全面的检查和评估，有助于作者提前发现和修正可能存在的问题，提高论文的质量和水平。

此外，论文查重也是为了保护作者自身的权益。学术成果的发表和使用会受到知识产权和版权的保护，而查重系统可以帮助作者确认自己的研究成果没有被他人恶意侵权或盗用，保障作者的学术声誉和权益。

综上所述，论文查重进行多次是为了确保研究生毕业论文的独立性、原创性和学术水平。通过查重系统，可以帮助作者检测抄袭和剽窃行为，保证学术诚信；同时，也有助于检查引用的准确性，提高论文质量；最后，也是为了保护作者自身权益。这些都是论文查重进行多次的重要原因。