在进行论文查重时，研究者可能会遇到多种问题。首先，一个常见的问题是如何处理毕业论文的查重。查重是毕业论文最后一道程序，它的目的是确保学生所提交的论文没有抄袭问题。然而，很多学生并不了解如何正确进行查重，导致他们可能会遇到一些困难。

1.文献标红也是一个可能的问题。在进行查重时，有些系统会自动将论文中与已有文献相似的部分标红提示，以提醒作者需加以修改。然而，这种标红并不能完全确保论文没有抄袭问题，因为有时候相似的论文也可能是合法的引用。

2.引用格式问题也是一个常见的困扰。不同的文献数据库或论文发表平台可能有不同的引用格式要求，这就需要作者在整理文献时要遵循相应的规定，否则就可能出现引用格式不正确的问题。

3.重复率不达标是一个很严重的问题。如果论文的重复率达到一定的程度，那么就会被认为是抄袭，可能会受到严厉的处罚。因此，作者在进行论文写作时应该注重保持原创性，并合理引用他人的研究成果。

4.查重系统也可能带来一些问题。有些系统可能会出现误报或漏报的情况，这就需要作者进行进一步的核对，以确保自己的论文是原创的。

5.收费也是一个需要注意的问题。有些查重系统可能需要付费才能使用，这对于一些经济有限的研究者来说可能会造成一定的困扰。

总之，在进行论文查重时，作者可能会遇到以上提到的各种问题。为了确保论文没有抄袭问题，作者需要正确处理这些问题，并遵循相应的规定来保证论文的质量。