毕业论文查重系统通常会涵盖论文的各个部分，包括摘要、目录、正文、致谢、附录等。这是因为摘要和目录是论文的重要组成部分，对于读者和审稿人来说，摘要提供了对论文主要观点的简明概述，而目录则提供了对论文结构的清晰概述。因此，这些部分在查重过程中是非常重要的。

对于一些学校或机构，可能还会对摘要和目录的格式和内容有所要求。例如，他们可能会要求摘要中包含一定数量的关键词，或者要求目录中的标题符合一定的格式规范。这些要求可能会影响你的摘要和目录在查重系统中的表现。

在论文查重过程中，系统会通过比较你的文字与数据库中已有的文献进行对比，从而检测出重复的部分。因此，如果你的摘要或目录与其他文献有很高的相似性，那么它们就可能被检测出来并影响到最终的查重结果。

在进行论文写作时，我们建议大家注意以下几点：首先，确保你的摘要和目录具有清晰、准确、简明扼要的特点；其次，注意格式和内容的规范性，遵守学校或机构的要求；最后，保持原创性，避免抄袭或过度引用已有文献。不同的学校或机构对于毕业论文查重的标准和要求可能会有所不同。因此，建议你在写作前向导师或学校相关部门咨询，了解具体的查重要求，以确保你的论文能够顺利通过查重环节。

总的来说，毕业论文查重系统会检测到论文的各个部分，包括摘要和目录。虽然这些部分可能会因为格式和内容的要求而有所不同，但保持原创性和独特性仍然是避免查重问题的关键。