论文查重系统的主要工作原理是扫描你的论文，并将其与数据库中的内容进行比对，以找出相似或匹配的文字。这些系统通常会使用复杂的算法来识别重复内容，但它们的判断标准基本上包括以下几点：

1、匹配的文字长度：查重系统会检查你的论文中有多少连续的文字与数据库中的内容相同。如果匹配的文字长度超过了一定的阈值（比如连续7个字以上），那么这部分文字可能会被标记为重复。

2、匹配的百分比：查重系统会计算你的论文与数据库中内容的相似度百分比。如果整体相似度或某一部分的相似度超过了设定的百分比（比如5%或10%），那么这部分可能会被标记为重复。

3、引用和参考文献：查重系统通常能够识别出正确的引用和参考文献格式。如果你的引用格式正确，那么这部分通常不会被标记为重复。但如果你没有正确引用，那么即使是引用的内容也可能被标记为重复。

4、互联网和数据库资源：查重系统会比对你的论文与互联网上的资源、学术数据库、期刊文章、会议论文等。如果系统发现你的论文与这些资源有相似之处，那么这部分可能会被标记为重复。

5、原创性分析：一些先进的查重系统还会对你的论文进行原创性分析，评估论文的整体质量和创新性。

总的来说，查重系统的工作原理就是比对和算法分析，它们的目的是找出你的论文中与已有内容相似的部分。但要注意的是，查重系统并不是完美的，有时候它们可能会误报或漏报。因此，在使用查重系统时，你还需要结合自己的判断和对论文内容的理解来解读查重结果。