PDF格式的论文查重存在一些问题，这些问题可能影响到查重结果的准确性和可靠性。首先，PDF格式的论文查重系统可能无法在较大的文本集合中有效地进行查重。由于PDF格式的论文通常包含大量的图片和图表，因此系统需要花费更多的时间和计算资源来处理这些复杂的文档。这可能导致查重过程的延迟，影响用户的使用体验。

其次，PDF格式的论文查重系统可能对文本中的一些特殊格式和排版细节敏感。由于PDF格式的特性，包括字体、行间距、页面分割等，可能使系统在匹配文本时产生误差。例如，一些系统可能无法正确地处理文本中的空格、换行符和段落编号，从而导致查重结果的失准。而且，对于一些特殊格式的论文，如带有标注、注释或引用的论文，系统可能无法正确地识别和比对这些信息，进一步影响查重结果的准确性。

另外，PDF格式的论文查重系统可能受限于文档的加密和保护功能。一些作者可能会对其论文进行加密或者设置权限，只允许有限的访问和编辑。这可能导致查重系统无法正常读取和处理这些受保护的文档，从而无法进行有效的查重。

最后，PDF格式的论文查重系统可能在处理大规模文本时存在性能问题。由于PDF格式的论文通常具有较大的文件大小，系统可能需要更长的时间来加载和处理这些文件。这可能导致系统响应缓慢，影响用户的使用效率和体验。

综上所述，PDF格式的论文查重在处理较大的文本集合、特殊格式的论文、受保护的文档以及大规模文本时可能出现问题。为了提高查重系统的准确性和性能，需要进一步研究和改进PDF查重算法。