论文查重是指通过专门的查重系统对论文进行检测，以发现其中是否存在抄袭或剽窃他人成果的行为。而在论文查重过程中，注释和参考文献则扮演着不同的角色。

首先，注释是指在论文中对某一段文字或者某个观点进行解释或补充说明的内容，其主要作用是为了帮助读者更好地理解论文内容，或者提供相关资料以供参考。在论文查重中，注释不会被系统认定为抄袭内容，因为注释是对原文的解释和引申，具有一定的主观性和个性化，不具备剽窃他人成果的特点。

而参考文献则是在论文中引用其他文献、书籍或者研究成果的内容，并在文末列出详细的引用信息，用以证明自己的研究过程和观点建立在前人的成果之上。在论文查重系统中，参考文献是会被系统所检测的内容，但是只要引用的内容符合规范，并在文末得到了正确的标注和引用，就不会被认定为抄袭或者剽窃。

因此，注释和参考文献在论文查重中有着明显的不同。注释是对原文内容的解释和补充，具有一定的主观性和个性化，不会被认定为抄袭；而参考文献是对他人成果的引用和证明，会被系统检测，但只要符合规范就不会被认定为抄袭。因此，在撰写论文时，作者需要在注释和参考文献的使用上做到规范和合理，以避免论文查重过程中出现不必要的纠纷和误判。对于撰写论文的作者来说，需要注意对注释和参考文献进行明确的区分，并严格按照规范的格式进行引用和列举。同时，在使用论文查重系统进行检测时，也需要仔细核对参考文献的准确性和完整性，以确保论文的学术诚信和质量。