最近在学术界，论文查重工作是非常重要的一项工作，可以有效地杜绝学术不端行为，确保学术界的公平和严肃性。然而，有时会出现两篇论文被放在一起进行查重的情况，这究竟会有什么后果呢？

首先，对于查重系统来说，两篇论文放在一起进行查重可能会导致系统出现错误的判断。因为系统是根据文字重复的比例来进行判断的，如果出现两篇论文中有相似的段落或句子，系统可能会认为其中一篇论文存在抄袭的行为，从而给作者带来不必要的麻烦。因此，对于研究人员来说，需要注意将自己的论文与他人的论文区分开来，避免因系统误判而受到牵连。

其次，从学术诚信的角度来看，两篇论文放在一起进行查重可能会对作者的学术声誉造成影响。即使是无意的、无恶意的重复，也可能被他人指责为剽窃。因此，研究人员应该在论文写作过程中严格遵守学术规范，杜绝抄袭、剽窃的行为，确保自己的研究成果的原创性。

最后，从学术交流的角度来看，如果两篇论文在查重系统中被误判为抄袭，可能会影响到学术交流的正常进行。其他学者可能会对被误判的论文持怀疑态度，论文作者和学术团体之间的信任关系也可能会受到影响。因此，研究人员在进行学术研究时，应该注重注明引用来源，避免引起不必要的疑虑和误会。

总之，两篇论文放在一起进行查重可能会影响到研究人员的学术声誉、学术交流和研究成果的认可。因此，在学术研究过程中，研究人员需要注意避免这种情况的发生，确保自己的研究成果的原创性和学术诚信。