毕业论文是本科生学习生涯中的重要组成部分，但是有时候学生的论文质量可能会不尽人意，比如存在重复率较高、格式不规范等问题。那么，当本科生毕业论文不合格时，我们应该如何处理呢？

关于论文的重复率问题，学校或导师通常会要求进行论文查重，以确定论文的原创性和独立性。常用的查重系统有知网、维普、paperTime等。如果查重结果显示论文存在较高的重复率，学生需要积极配合学校或相关部门进行检查和修改，避免论文被认定为剽窃他人成果。

论文的格式规范也是一个需要重点关注的问题。学生在写作过程中应当严格遵守学校或学院的论文格式要求，包括封面、目录、引言、正文、结论等部分，以及参考文献的引用格式等。如果论文格式不规范，学生需要及时进行整改和调整，以符合学校的标准要求。

论文质量是评判论文优劣的重要指标之一。如果毕业论文在结构、内容深度、论点准确性或论证方法上存在明显不足，学生需要认真对待导师的评审意见，进行深入思考和修改，以提升论文的学术水平和质量。

总之，当本科生毕业论文不合格时，学生应当积极配合学校及导师的意见进行修改，并且充分重视论文的原创性、格式规范和学术质量，以确保最终论文达到学校的要求并取得毕业学位。