引用文献被查重系统识别，通常不会对论文产生直接的负面影响，但具体影响取决于论文查重系统的具体设置、学校的规定以及论文的引用方式和比例。

从正面来看，正确的引用和标注文献是学术诚信的重要体现。查重系统能够识别出这些引用，并在查重报告中显示出来，这有助于证明作者尊重他人的研究成果，并遵循了学术规范。通过引用权威文献，作者能够为自己的论点提供有力的支持，从而增强论文的可信度和说服力。这些引用内容在查重时被识别，也进一步证明了论文内容的可靠性和科学性。

从中立的角度来看，如果引用内容过多或引用方式不当，可能会导致论文的重复率上升。然而，这并不意味着学术不端，因为查重系统通常会区分引用部分和抄袭部分。在某些情况下，即使引用是合理的，但由于查重系统的局限性或学校的特殊规定，作者可能仍需要向评审委员会或导师提供额外的说明，以证明引用的合理性和必要性。

当引用文献被查重时我们要注意规避其负面影响，遵循学术规范，合理控制引用比例，避免过度引用。确保引用的文献在文中得到了正确的标注和引用格式的规范。这有助于查重系统准确识别引用部分，并降低误判的风险。

在提交论文前，了解所使用的查重系统的具体设置和规则，以便更好地应对可能出现的重复率问题。如果查重报告中出现了不合理的重复部分或误解，及时与导师或评审委员会沟通，并提供相关证据进行说明。

引用文献被查重系统识别本身并不一定是坏事，关键在于作者如何正确处理查重报告中出现的问题，展现出良好的学术素养和诚信态度。