论文查重是学术诚信的重要环节，然而在查重过程中，常常会遇到一些问题，这些问题不仅影响查重结果的准确性，还可能对学术研究的质量造成负面影响。

重复率的计算方法和阈值设定是查重工作中的核心问题。不同的查重系统使用不同的算法来计算重复率，这可能导致同一篇论文在不同平台上显示不同的重复率。与此同时，对于学术界而言，设定一个合理的重复率阈值同样重要。过高的阈值可能会导致学术不端行为的纵容，而过低的阈值则有可能误伤原创性作品。因此，如何科学合理地设定查重标准是亟需解决的问题。

引用和参考文献的处理也是查重中的一个常见难题。虽然在学术写作中，引用是合乎规范的行为，但在查重时，如果引用不够规范或者格式不一致，依然可能被判定为重复。这就要求作者在论文撰写过程中对引用格式有清晰的认识和严格的遵守，以避免因引用不当而遭遇查重问题。

另外，查重系统可能存在技术上的局限性，比如对同义词、变形词的识别率不高，或者对不同语言之间的翻译查重功能欠缺。这一方面导致了那些有意或无意地进行“改头换面”的学术不端行为得以逃避检测，另一方面也给真正具有原创性的作品带来了不必要的困扰。这就需要查重技术的不断更新与进步以适应日益复杂的学术环境。